Die AG Mikrobielle Ökologie untersucht die Auswirkungen, die Vielfalt und die Funktion von Mikroorganismen, die in globalen biogeochemischen Kreisläufen eine entscheidende Rolle spielen. Besonderes Augenmerk liegt auf mikrobiellen Gemeinschaften in Küstensedimenten der südlichen Ostsee. Molekularbiologische sowie sensortechnische Technologien werden eingesetzt, um neue Einblicke in mikrobielle Prozesse an Grenzflächen und in Mikrohabitaten zu erhalten.