Treemaps zur Darstellung der Genexpression

Omics Experimente erzeugen sehr komplexe Datenmengen und -strukturen. 

Pro Experiment werden für gewöhnlich Datensätze für 4000 und mehr Gene erfasst – für Experimentwiederholungen und verschiedene Experimentalbedingungen. Nun sind Gene nicht einfach für sich allein stehende Elemente. Sie lassen sich in Kategorien verschiedener Zellfunktionen einsortieren und entsprechend dieser Kategorisierung kann die Gesamtheit der  Gene eines Organismus als eine hierarchische Struktur angesehen werden. Entsprechend gibt es Haupt-, Unter- und Subkategorien.

Eine komplette und dennoch übersichtliche und intuitive Darstellung von Genaktivitätsdaten entsprechend der funktionellen Gen-Kategorisierung ist nicht ganz einfach, gerade weil Computerbildschirme den zur Verfügung stehenden Platz einschränken. Nichtsdestotrotz konnten wir eine Methode adaptieren, die dies ermöglicht.

Das gezeigte Beispiel visualisiert das Genaktivitätsmuster in einem Experiment, welches aus 5 Einzelproben besteht. Die durch Grenzlinien umrahmten Bereiche stellen die Hauptkategorien zellulärer Funktionen dar. Die kleinsten Polygone stehen für die einzelnen Gene deren Aktivität zum gezeigten Zeitpunkt durch Farben verdeutlicht wird (orange = maximal aktiv, hellgrau = durchschnittlich aktiv,  blau = gering aktiv). Starke statistische Sicherheit wird durch hohe Farbbrillanz, geringe durch entsättigte Farben dargestellt. Die verschiedenen Abbildungen der Bildfolge widerspiegeln die Zeitreihe.