Ja/Nein Treemaps - Ist ein Peptid vorhanden oder nicht?

Traditionelle Verfahren der Proteomik, wie z.B. 2D Elektrophorese-Gele (s. den von uns erstellten Wikipedia Eintrag) analysieren ganze Proteinmoleküle. Diese sind relativ groß und können in der modernen massenspektrometrie-basierten Proteomik nicht direkt analysiert werden. Deswegen zerstückelt man sie durch definiert schneidende Enzyme in handhabbare Peptide, deren Masse man im Massenspektrometer bestimmen kann. Verschiedene Eigenschaften der Proteine und Peptide beeinflussen die experimentelle Zugänglichkeit und Detektierbarkeit. Um Mengen möglicher und dektierter Proteine/Peptide zu illustrieren, werden oft Euler- und Venn-Diagramme genutzt. Dieser Typ Diagramm fasst alle Daten zusammen und visualisiert Anteile z.B. detektierbarer Moleküle aus einer Grundgesamtheit theoretisch möglicher Moleküle, Schnitt- und Untermengen usw. Dabei geht die Information zu den Einzelpeptiden leider verloren.

Ja/Nein Treemaps können mit diesem Problem umgehen. Sie zeigen alle Proteine und alle theoretisch möglichen aus ihnen hervorgehende Peptide (hier dunkelblaue Zellen) als vieleckige Mosaiksteinchen. Wird ein Peptid im Massenspektrometer detektiert, so kann dies durch Einfärbung visualisiert werden. Ablesbar ist jetzt, ob überhaupt Peptide eines Proteins gefunden wurden (Ist das Protein überhaupt in der Probe?) oder welche Peptide eines Proteins gefunden wurden (Wie hoch ist der Anteil gefundener/nicht gefundener Peptide). Diese Abdeckung wurde hier zusätzlich als Farbe des Labels kodiert (Je heller das Label, desto relativ mehr Peptide wurden gefunden).