1950ies	Gründung des Agrobiologischen Institutes unter Heinrich Borriss. Gliederung in mehrere Abteilungen, darunter die Abteilung Mikrobiologie, geleitet von Hans-Jürgen Rehm.
1953	Wolfgang Manigk übernimmt die Leitung der Abteilung Mikrobiologie.
1955	Die Abteilung Mikrobiologie wird in das Institut für Mikrobiologie umgewandelt, zu dessen Direktor Wilhelm Schwartz ernannt wird. Forschungsschwerpunkt: Geomikrobiologie.
1959	Umzug in den Neubau in der Friedrich-Ludwig-Jahn-Straße 15.
1963	Übernahme der Institutsleitung durch Friedrich Mach. Forschungsschwerpunkt: Molekularbiologie.
1968	Etablierung zweier Wissenschaftsbereiche: (1) Allgemeine Mikrobiologie unter der Leitung von Friedrich Mach und (2) Physiologie der Mikroorganismen unter der Leitung von Heinz Weide (ab 1978 Manfred Köhler).
1977	Der Wissenschaftsbereich Physiologie der Mikroorganismen wird in Technische Mikrobiologie umbenannt.
1989	Im Zuge der deutschen Wiedervereinigung gehen aus den beiden Wissenschaftsbereichen die Institute für:(1) Allgemeine und Spezielle Mikrobiologie, geleitet von Michael Hecker, und (2) Angewandte und Technische Mikrobiologie, geleitet von Manfred Köhler, hervor.
1990	Zusammenführung beider Institute unter der Leitung von Michael Hecker zum Institut für Mikrobiologie mit den Abteilungen:(1) Mikrobenphysiologie & Molekularbiologie (Leitung: Michael Hecker) und (2) Angewandte und Technische Mikrobiologie (Leitung: Manfred Köhler). Forschungsschwerpunkt: Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus, Stressphysiologie, Mikrobielle Proteomics (Michael Hecker); Geomikrobiologie (Manfred Köhler).
1992	Frieder Schauer wird Leiter der Abteilung Angewandte Mikrobiologie (vormals Angewandte und Technische Mikrobiologie). Forschungsschwerpunkt: Mikrobieller Abbau von Umweltschadstoffen.
2005	Die von Rüdiger Bode geleitete Abteilung für Biochemie wird dem Institut für Mikrobiologie angegliedert. Forschungsschwerpunkt: Aminosäurestoffwechsel von Hefen.
2011	Katharina Riedel wird als Professorin für Mikrobiologie an die Universität Greifwald berufen. ( Parallelberufung Michael Hecker).
2012	Die Abteilung Mikrobielle Ökologie, unter der Leitung von Christian Gliesche, wird dem Institut für Mikrobiologie angegliedert. Forschungsschwerpunkt: Marine mikrobielle Ökologie.
2012	Bewilligung des Neubaus eines Forschungsgebäudes "C-FunGene". Das Institut für Mikrobiologie wird voraussichtlich Ende des Jahres 2017 dorthin umziehen.
2013	Umbenennung der Abteilung Biochemie in Mikrobielle Proteomics. Die Leitung übernimmt Dörte Becher. Forschungsschwerpunkte: Mikrobielle Proteomics und Massenspektrometrie.
2013	Katharina Riedel tritt die Nachfolge von Michael Hecker als Geschäftsführende Direktorin des Instituts für Mikrobiologie an. Forschungsschwerpunkte: Gram-negative opportunistische Bakterien, Biofilme, Mikrobielle (Meta-) Proteomics.
2014	Die Abteilung Mikrobielle Ökologie zieht von der Insel Hiddensee nach Greifswald ins neuerbaute LPG-Gebäude auf dem Universitätscampus am Berthold-Beitz-Platz.
2014	Tim Urich wird als Nachfolger von Frieder Schauer als Professor für Bakterienphysiologie berufen. Forschungsschwerpunkte: Methanogene Archaebakterien, Untersuchungen zur Aktivität von Bodenmikroorganismen und deren Auswirkung auf den C-und N-Kreislauf, Rolle der Darmflora bei Mensch und Tier.