Das Institut für Mikrobiologie beherbergt fünf Abteilungen:(Mikrobielle Physiologie & Molekularbiologie - Susanne Sievers (Lehrstuhlvertretung für Katharina Riedel),  Mikrobielle Proteomik - Dörte Becher, Bakterielle Physiologie – Tim Urich, Aquatische Mikrobiologie - André Scheffel, Küstenmikrobiome - Mia Bengtsson sowie die Forschungsgruppe des Emeritus Michael Hecker.