Das Institut für Mikrobiologie beherbergt vier Abteilungen:(Mikrobielle Physiologie & Molekularbiologie - Susanne Sievers (Lehrstuhlvertretung für Katharina Riedel),  Mikrobielle Proteomik - Dörte Becher, Bakterielle Physiologie – Tim Urich), Aquatische Mikrobiologie - André Scheffel sowie die Forschungsgruppe des Emeritus Michael Hecker.