Das Institut für Mikrobiologie beherbergt vier Abteilungen (Mikrobielle Physiologie & Molekularbiologie - Katharina Riedel,  Mikrobielle Proteomik - Dörte Becher, Bakterielle Physiologie – Tim Urich, Mikrobielle Ökologie –  Christian Gliesche) sowie die Forschungsgruppe des Emeritus Michael Hecker. Das Institut wird von der Geschäftsführerin Dörte Becher geleitet.

Der stellvertretende Geschäftsführer ist Tim Urich. Mit Ausnahme der Abteilung für Mikrobielle Ökologie, die in der Felix-Hausdorff-Str. 1 untergebracht ist, befinden sich alle Abteilungen in der Felix-Hausdorff-Straße 8, 17487 Greifswald auf dem neuen Campus der Universität.