Das Institut für Mikrobiologie beherbergt vier Abteilungen (Mikrobielle Physiologie & Molekularbiologie - Katharina Riedel,  Mikrobielle Proteomik - Dörte Becher, Bakterielle Physiologie – Tim Urich, Mikrobielle Ökologie –  Christian Gliesche) sowie die Forschungsgruppen der emeritierten Professoren  Michael Hecker und Frieder Schauer.

Das Institut wird von der Geschäftsführerin Katharina Riedel geleitet. Die stellvertretende Geschäftsführerin ist Dörte Becher. Mit Ausnahme der Abteilung für Mikrobielle Ökologie, die in der Felix-Hausdorff-Str. 1 untergebracht ist, befinden sich alle Abteilungen in der Felix-Hausdorff-Straße 8, 17487 Greifswald auf dem     neuen Campus der Universität.