Gel-basierte Proteomics ist eine robuste Technik zur Auflösung komplexer Proteinproben aus  bakteriellen Zelllysaten. Hierzu werden die Proteine zuerst anhand ihrer Ladung durch isoelektrische Fokussierung aufgetrennt, um dann in einem zweiten Schritt anhand ihrer Größe mittels SDS-PAGE weiter separiert zu werden. Anschließend werden die getrennten Proteine mithilfe verschiedener Farbstoffe (z.B. Coomassie oder Fluoreszenz-Farbstoffe) gefärbt um die Gele auswerten zu können. Der Phosphorylierungsstatus eines Proteins kann mit dem Farbstoff Diamond ProQ analysiert werden. Die Gelbilder werden schließlich durch Image-Analyse-Software, wie z.B. Delta2D von Decodon qualitativ und quantitativ ausgewertet.

Besonders interessante Proteine (z.B. differentiell exprimierte Proteine) auf einem Gel können mit unserer Hochdurchsatz-Plattform (vollautomatisches System, das das Spotpicking, den Proteinverdau mittels Trypsin und das Spotten auf die MALDI-Trägerplatten durchführt) identifiziert werden (siehe Bild).

Die MALDI-TOF-Messungen erfolgen auf dem AB SCIEX TOF/TOF 5800 Analyzer (AB Sciex / MDS Analytical Technologies). Dieses Instrument ist für Hochdurchsatzmessungen ausgelegt. Die Spektren werden automatisch intern kalibriert.